命令行方式提交作业过程
1、在根目录编辑脚本 vim submit.pbs (i进入编辑状态;esc退出编辑状态;“:wq”保存退出)
#PBS -N myjob //作业名称
#PBS -q CPUDefq //队列名称
#PBS -o my.out //输出文件
#PBS -e my.err //错误文件
#PBS -l nodes=1:ppn=36 //申请资源:1个节点,36核心
cd $PBS_O_WORKDIR
export g09root=/data/apps
export LD_LIBRARY_PATH=$g09root/g09/linda8.2:$g09root/g09/linda8.2/common/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export GAUSS_SCRDIR=/home/tmp
export PATH=$g09root/g09:/data/apps/g09/linda-exe/:$PATH
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
g09 p.gjf
2、上传输入文件,一个作业一个文件夹。
3、拷贝脚本 cp submit.pbs 文件夹名
4、修改文件夹中的脚本
根据pestat查看机器空闲情况,修改队列名、核心数和输入文件名
5、提交作业 qsub submit.pbs
6、查看作业 qstat
7、删除不需要的作业 qdel <jobid>