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使用入门

脚本范例

脚本范例

以下是HPC-2平台的脚本范例,HPC-1平台的脚本范例在/data/job-template目录下

G09(把下面内容编写成脚本)

#BSUB -q qtest2

#BSUB -app g09

#BSUB -o %J.out

#BSUB -e %J.err

#BSUB -n 8

#BSUB -R "span[hosts=1]"     (8个计算核心在一台机器上)

g09 inputfile.gjf                        (gjf文件开头加%nprocshared=8)


Gromacs(把下面内容编写成脚本)

#BSUB -q qtest2

#BSUB -app gromacs2016f

#BSUB -o %J.out

#BSUB -e %J.err

#BSUB -n 12

#BSUB -R "span[hosts=1]"

gmx mdrun -ntomp 12 -v -deffnm inputfile


MS  (把下面内容编写成脚本)

#BSUB -q qtest2

#BSUB -app ms2017

#BSUB -o %J.out

#BSUB -e %J.err

#BSUB -n 12

RunMatScript.sh -np 12 inputfile


Fluent(把下面内容编写成脚本)

#BSUB -q qtest2

#BSUB -app fluent

#BSUB -o %J.out

#BSUB -e %J.err

#BSUB -n 8

fluent 3ddp -g -pib -mpi=intel -i inputfile.jou -t8


Ansys(把下面内容编写成脚本)

#BSUB -q qtest2

#BSUB -app ansys

#BSUB -o %J.out

#BSUB -e %J.err

#BSUB -n 8

ansys171 -b -dis -np 8 -i inputfile -o outputfile


Polyflow(把下面内容编写成脚本)

#BSUB -q qtest2

#BSUB -app polyflow

#BSUB -o %J.out

#BSUB -e %J.err

#BSUB -n 12

polyflow -th 12 < inputfile


Matlab(把下面内容编写成脚本)

#BSUB -q qtest2

#BSUB -app matlab

#BSUB -o %J.out

#BSUB -e %J.err

#BSUB -n 1

matlab -nodisplay -r inputfile    


Lammps(把下面内容编写成脚本)

#BSUB -q qtest2

#BSUB -app lammps2018

#BSUB -n 12

#BSUB -e %J.err

#BSUB -o %J.out

#BSUB -R "span[hosts=1]"

mpirun -np 12  lmp < in.poly


VASP(把下面内容编写成脚本)

#BSUB -q qtest

#BSUB -app vasp541n

#BSUB -n 4

#BSUB -e %J.err

#BSUB -o %J.out

mpirun -np 4 vasp_std


Abaqus(把下面内容编写成脚本)

#BSUB -q qtest2

#BSUB -app abaqus

#BSUB -n 4

#BSUB -e %J.err

#BSUB -o %J.out

abaqus job=inputfile cpus=4  int 2>&1


Amber(把下面内容编写成脚本)

#BSUB -q qtest2

#BSUB -app amber

#BSUB -o %J.out

#BSUB -o %J.err

#BSUB -n 8

mpirun -np 8 sander.MPI -O -i min_2ojn.in -o min_2ojn.out -p 2ojn.top -c 2ojn.crd -r min_2ojn.rst -inf min_2ojn.inf


一般并行程序:

#BSUB -q qtest2

#BSUB -o %J.out

#BSUB -e %J.err

#BSUB -n 8

mpirun -np 8 可执行文件名